湖泊与流域水安全全国重点实验室（英文名称：State Key Laboratory of Lake and Watershed Science for Water Security）是在原湖泊与环境国家重点实验室的基础上重组建设，依托单位为中国科学院南京地理与湖泊研究所，共建单位为中国科学院水生生物研究所、武汉植物园和重庆绿色智能技术研究院。实验室已于2024年12月获科技部批复。

实验室面向“山水林田湖草沙”系统治理、湖泊水安全保障和长江流域高质量发展等国家重大需求，聚焦湖泊流域系统科学国际前沿，围绕湖泊流域水文过程与调控、湖泊环境过程与治理、湖泊生态安全与修复、长江流域水安全保障等四个研究方向，发展湖泊流域科学基础理论和研究方法，创新湖泊流域综合治理和智慧管控技术，形成具有中国特色的湖泊流域科学体系，在服务我国五大湖区湖泊生态环境保护与资源合理利用、长江流域水安全保障方面提供示范，在提升综合解决湖泊流域复杂生态环境问题的能力、支撑我国湖泊流域生态环境质量改善和长江流域高质量发展方面发挥引领作用。

实验室先后承担了“美丽中国”A类先导专项项目、国家重点研发计划、科技基础资源调查专项、第二次青藏科考、第三次新疆科考等，国家自然科学基金重大研究计划、重点项目、联合基金等，云南省揭榜挂帅、江苏省碳达峰碳中和科技创新专项等地方项目，以及中国科学院国际合作伙伴计划、院海外中心国别综合研究、未来伙伴等项目200余项，合同经费超8亿元。

围绕湖泊流域领域原创基础理论创新、关键核心技术突破和重大示范应用集成，实验室牵头获得国家和省部级奖励约30项，包括国家自然科学二等奖1项，江苏省科学技术一等奖3项、二等奖10项，云南省科学技术进步二等奖3项，江西省科技进步二等奖1项，中国科学院科技促进发展奖3项，环境保护科学技术一等奖2项、二等奖4项；参与完成的国家奖包括国家自然科学二等奖1项、国家科学技术进步一等奖1项、国家科学技术进步二等奖2项。

实验室固定人员130人，其中主任1人，副主任4人。固定人员中包括国家青年科学基金项目A类获得者11人，国家青年科学基金项目B类/海外优青获得者17人，青千2人，国家重大人才工程入选者1人，国家高层次人才特殊支持计划4人，基金委创新研究群体负责人1人，国家科技支撑计划项目负责人2人，科技基础资源调查专项项目负责人2人，国家科技重大专项项目负责人4人，国家重点研发计划项目负责人12人。